平衡稳定的微生态环境对防止动物疾病很重要。几种病原菌生长的适宜 pH 值都中性偏碱，如大肠杆菌适宜 pH 值为 6.0-8.0，链球菌为 6.0-7.5，葡萄球菌为 6.8-7.5，梭状芽孢杆菌为 6.0-7.5，而乳酸杆菌等适宜于酸性环境生殖。因此，酸化剂通过降低胃肠道pH 值可抑制有害微生物繁殖，减少营养物的消耗和细菌毒素的产生，同时促进有益菌的增殖。除了降低肠道 pH 值外，有机酸还有另一种杀灭病原菌的作用机理。有机酸进入动物胃肠道内后有一部分解离产生氢离子，从而降低 pH 值，而另外一部分则不解离而是以分子形式存在。只有这部分以分子形式存在的有机酸能通过细菌的细胞膜而进入到细菌内部。在细菌细胞内 pH 值为中性，所以有机酸分子会在此解离产生氢阳离子和羧根负离子。氢阳离子会降低细菌细胞内 pH 值，而细菌要维持正常的生命就必须将细胞内 pH 值保持在 7.0 左右，因此细菌细胞要通过 H+-ATP 泵将氢阳离子排到细胞外，这个过程消耗大量的能量（ATP），从而使得细菌失去活力。另一方面，羧根负离子可以抑制细菌细胞核内的 DNA 和蛋白质的合成过程使得细菌不能繁殖下一代(Stratford& Anslow,1998；Russel&Diez-Gonzales,1998；Roeetal.,1998)。因此酸化剂的直接杀菌效果取决于酸的解离程度，解离程度越低的酸杀菌效果越强，解离程度越高的酸直接杀菌效果越差。一般来说，无机酸（如磷酸）的解离程度很高，因此其直接的杀菌作用差；有机酸解离程度低，杀菌效果则相对较强。而有机酸当中不同的有机酸的杀菌作用也存在差异，其中柠檬酸、乳酸因解离程度比其它有机酸高而杀菌效果较差，甲酸、乙酸、丙酸的杀菌效果较好。因此甲酸、乙酸、丙酸是比较理想的具有杀菌作用的有机酸。另外酸化剂的作用还取决于酸的浓度和分子数，浓度越高，分子数越多，其作用效果越好，因此大分子有机酸的杀菌效果比较差。

此外，研究表明，由小分子有机酸组成的复合有机酸具有比单项小分子有机酸更强的抑菌作用。Rössler（1997）测试了甲酸、乙酸、丙酸、延胡索酸、柠檬酸和乳酸的对大肠杆菌的最低抑菌浓度，发现甲酸的有效抑菌浓度最低，即抑菌效果最好，其次是丙酸、乙酸和延胡索酸，而乳酸和柠檬酸抑菌效果最差。他们还发现，甲酸与丙酸的复合物抑菌能力是甲酸或丙酸单酸的 2-4 倍。