胃肠道内大多数有害菌群生长的适宜pH值都是中性偏碱，如大肠杆菌适宜的pH值为6.0~8.0，而像乳酸杆菌等有益菌群则适宜于在酸性环境中生长繁殖。酸化剂进入畜禽胃肠道以后通过降低pH值，能促进乳酸菌等有益菌的生长繁殖，同时改变有害菌群的生存环境，能抑制或直接杀灭有害菌群如大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌和梭状芽孢杆菌等。
研究表明，大量研究发现，二甲酸钾能减少动物消化道内各种微生物的数量，尤其能减少大肠杆菌、沙门氏菌等致病菌的数量，改善动物肠道微生物菌群结构。可到达小肠前段的二甲酸钾中有效成分有足够高浓度以发挥抑菌作用，而同时降低了消化道pH值。其独特的抗微生物效果基于在肠道内解离出来的甲酸和甲酸盐的综合作用。其中非解离型的甲酸分子能穿过细菌细胞壁进入细胞内使内容物pH值下降。细菌细胞浆pH接近7，有机酸一旦穿透微生物细胞膜进入细胞，便在其细胞内分解产生H⁺，能够降低或抑制细胞内酶(脱羧酶和过氧化氢酶)的活性，并影响微生物蛋白质和核酸的代谢，破坏或延缓其营养物质的转运系统，导致微生物不能繁殖，甚至死亡，从而抑制微生物生长(Roth和Kirchgessner,1998^[19]；Partanen和Mroz,1999^[20])。甲酸盐阴离子在细胞壁外能分解细菌细胞壁蛋白质，同样起到杀菌作用。这种抗菌作用也减少了微生物代谢物的产生和对肠道的损害，促进动物肠道健康。